Надлежност Сектора за европске интеграције и међународну сарадњу је и припрема предлога пројеката за међународну помоћ, који су у складу како са стратешким документима Министарства здравља, тако и са захтевима донатора. С обзиром на стратешку оријентацију Републике Србије ка приступању Европској Унији, од највећег значаја је ИПА (Инструмент за претприступну помоћ) фонд. Овај фонд државама потенцијалним кандидатима и кандидатима омогућава да у складу са стратешким документима ЕУ, формулишу своје предлоге пројеката, чијим се одобравањем и имплементацијом испуњавају захтеви за приближавање и приступање.

У 2009. години су почела три велика пројекта која се финансирају од стране ЕУ, а којима управља Делегација Европске комисије у Републици Србији:

• Развој служби хитне медицинске помоћи у Србији, 10.000.000 ЕВРА
• Подршка Агенцији за акредитацију здравствених установа, 1.500.000 ЕВРА
• Подршка борби против дрога кроз имплементацију Стратегије за борбу против дрога, 1.500.000 ЕВРА