За обављање послова из делокруга Министарства образоване су се следеће основне унутрашње јединице:

1. Сектор за организацију здравствене службе
2. Сектор за здравствено осигурање
3. Сектор за јавно здравље и програмску здравствену заштиту
4. Сектор за европске интеграције и међународну сарадњу 
5. Сектор за лекове и медицинска средства, психоактивне контролисане супстанце и прекурсоре
6. Сектор за инспекцијске послове
7. Секретаријат Министарства

Организациона структура

На основу Закона о министарствима („Службени гласник Р.С.“ бр: 72/12 и 76/13)

Министарство здравља обавља послове државне управе који се односе на:

Систем здравствене заштите; систем обавезног здравственог осигурања, других облика здравственог осигурања и доприноса за здравствено осигурање; ближе уређивање права из здравственог осигурања; учествовање у припреми и спровођењу међународних споразума о обавезном социјалном осигурању; стварање услова за приступ и реализацију пројеката из делокруга тог министарства који се финансирају из средстава претприступних фондова Европске уније, донација и других облика развојне помоћи; садржај здравствене заштите, очување и унапређење здравља грађана и праћење здравственог стања и здравствених потреба становништва; организацију здравствене заштите; стручно усавршавање и специјализацију здравствених радника; здравствену инспекцију; организацију надзора над стручним радом здравствене службе; обезбеђивање здравствене заштите из јавних прихода; здравствену заштиту странаца; евиденције у области здравства; услове за узимање и пресађивање делова људског тела; производњу и промет лекова, медицинских средстава и помоћних лековитих средстава и инспекцијске послове у тим областима; производњу и промет опојних дрога и прекурсора недозвољених дрога; ископавање и преношење умрлих лица у земљи, преношење умрлих лица из иностранства у земљу и из земље у иностранство; санитарну инспекцију; здравствени и санитарни надзор у области заштите становништва од заразних и незаразних болести, здравствене исправности животних намирница и предмета опште употребе у производњи и промету, јавног снабдевања становништва хигијенски исправном водом за пиће и другим областима одређеним законом; контролу санитарно-хигијенског стања објеката под санитарним надзором и средстава јавног саобраћаја; санитарни надзор над лицима која су законом стављена под здравствени надзор, као и надзор над постројењима, уређајима и опремом која се користи ради обављања делатности под санитарним надзором; утврђивање санитарно-хигијенских и здравствених услова објеката под санитарним надзором у поступцима изградње или реконструкције и редовну контролу над тим објектима; санитарни надзор на државној граници, као и друге послове одређене законом.

На основу Закона о здравственој заштити („Службени гласник Р.С.“ бр: 107/05; 72/09; 98/10; 99/10; 57/11; 119/12 и 45/13)                            

Министарство здравља обавља послове обезбеђивања општег интереса у здравственој заштити који се односе на:
Праћење и проучавање услова живота и рада и здравственог стања становништва, односно појединих групација становништва, узрока појава, ширења и начина спречавања и сузбијања болести и повреда од већег социјално-медицинског значаја;
Промоцију здравља у складу са програмима здравствене заштите и обезбеђивање услова за спровођење посебних програма за очување и унапређење здравља;
Спровођење епидемиолошког надзора и организовање и спровођење посебних мера за заштиту становништва од заразних болести, спровођење ванредних мера утврђених у складу са законом којим се уређује област заштите становништва од заразних болести, као и спровођење програма за спречавање, сузбијање, одстрањивање и искорењивање заразних болести, у складу са законом;
Спречавање, сузбијање и гашење епидемија заразних болести;
Праћење и спречавање хроничних масовних незаразних болести и болести зависности;
Епидемиолошко и хигијенско систематско праћење, као и систематско праћење и испитивање утицаја загађења животне средине на здравље људи, као и систематско испитивање здравствене исправности животних намирница, предмета опште употребе и воде за пиће;
Хитну медицинску помоћ особама непознатог пребивалишта, као и другим лицима која право на хитну медицинску помоћ не остварују на другачији начин у складу са законом;
Здравствену заштиту лица која се налазе на издржавању казне затвора која им се пружа ван завода за издржавање заводских санкција, извршавање мера безбедности обавезног психијатријског лечења и чувања у здравственој установи, обавезног психијатријског лечења на слободи, обавезног лечења алкохоличара и наркомана;
Спречавање и отклањање здравствених последица проузрокованих елементарним и другим непогодама и ванредним приликама;
Организовање и развој интегрисаног здравственог информационог система прикупљањем, обрадом и анализом здравствено-статистичких и других података и информација о здравственом стању и здравственим потребама становништва, као и праћење података о функционисању здравствене службе у погледу обезбеђености простора, кадрова, опреме и лекова, као и праћење показатеља извршења рада;
Праћење и стално унапређење квалитета здравствене заштите и спровођење и контролу квалитета здравствене заштите;
Организовање и спровођење провере квалитета стручног рада;
Ванредну контролу квалитета лекова, као и контролу случајних узорака лекова који се употребљавају у хуманој медицини, по програму министарства надлежног за послове здравља (у даљем тексту: Министарство);
Подстицање активности за унапређивање рационалне фармакотерапије у лечењу оболелих и повређених;
Подстицање активности на омасовљавању добровољног давалаштва крви и спровођење програма прикупљања крви, као и давања и примања органа и ткива за пресађивање;
Обезбеђивање услова за рад републичких стручних комисија, као и комисије за процену здравствених технологија;
Подстицање активности хуманитарних и стручних организација, савеза и удружења на пословима који су као приоритет предвиђени Планом развоја, односно посебним програмима здравствене заштите;
Учешће у обезбеђивању средстава за уједначавање услова за равномерно остваривање здравствене заштите на целој територији Републике, а посебно на примарном нивоу здравствене заштите у општинама са неповољним демографским карактеристикама и недовољно развијеним општинама, у складу са приоритетима;
Средства за изградњу и опремање здравствених установа у државној својини чији је оснивач Република, које обухвата: инвестиционо улагање, инвестиционо - текуће одржавање просторија, медицинске и немедицинске опреме и превозних средстава, односно врши набавку медицинске и друге опреме неопходне за рад здравствених установа и превозних средстава, обезбеђивање средстава, односно набавку опреме за развој интегрисаног здравственог информационог система, као и обезбеђивање средстава за друге обавезе одређене законом и актом о оснивању;
Финансирање примењених истраживања у области здравствене заштите;
Примену мера Владе у елементарним и другим непогодама и ванредним приликама у складу са законом којим се уређује поступање у ванредним ситуацијама;
Обезбеђивање средстава за обављање других послова из члана 124. став 2. тач. 1)-7) Закона о здравственој заштити, као и за поступак утврђивања нивоа јонизујућег и нејонизујућег зрачења у области здравствене заштите од стране завода за медицину рада основаног за територију Републике Србије.
Средства за остваривање општег интереса у здравственој заштити обезбеђују се у буџету Републике.

На основу Закона о здравственом осигурању („Службени гласник Р.С.“ бр: 107/05; 109/05; 57/11;110/12 и 119/12)

Министарство здравља обавља послове којима обезбеђује:
(1) Право на здравствену заштиту за случај настанка болести и повреде ван рада;
(2) Право на здравствену заштиту у случају повреде на раду или професионалне болести;

и то:
Мере превенције и раног откривања болести;
Прегледе и лечење жена у вези са планирањем породице као и у току трудноће, порођаја и материнства до 12 месеци након порођаја;
Прегледе и лечење у случају болести и повреде;
Прегледе и лечење болести уста и зуба;
Медицинску рехабилитацију у случају болести и повреде;
Лекове и медицинска средства;
Протезе, ортозе и друга помагала за кретање, стајање и седење, помагала за вид, слух, говор, стоматолошке надокнаде, као и друга помагала (у даљем тексту: медицинско-техничка помагала).
Здравствено васпитање;
Систематски и остали прегледи деце до навршених 18 година живота, односно до краја прописаног средњошколског, односно високошколског образовања а најкасније до навршених 26 година живота, жена у вези са трудноћом и одраслих особа;
Превентивне стоматолошке и профилактичке мере за превенцију болести уста и зуба код трудница и деце до навршених 18 година живота, односно до краја прописаног средњошколског, односно високошколског образовања а најкасније до навршених 26 година живота.
Здравствено васпитање у вези са планирањем породице, превенцијом трудноће, контрацепцијом и хируршком стерилизацијом, тестирањем на трудноћу, тестирањем и лечењем сексуално преносивих болести и ХИВ инфекције;
Вакцинација, имунопрофилакса и хемопрофилакса која је обавезна према републичком програму имунизације становништва против одређених заразних болести;
Хигијенско-епидемиолошке и друге законом предвиђене мере и поступке у вези са спречавањем, откривањем и лечењем ХИВ инфекције и других заразних болести и спречавањем њиховог ширења.